主人公「阿佐ヶ谷未乃愛（あさがや みのあ）」は私立咲鐘湖学園高等部の新一年生。入学早々、同級生の「上井草有栖」に誘われアニメ研究部に入部することになってしまった。アニメの知識はほとんど無かったが、同級生の「高円寺美子」やちょっと変だけどやさしい先輩達に囲まれだんだんアニメが好きになっていく。しかし、入部初日に封鎖されているドアを開けてしまったために、未乃愛の身に次々を不思議な出来事が起こるのだった。そして何故か学校から廃部命令を受けるアニメ研究部。 何とか廃部を阻止しようと部員全員で奔走するうちに、未乃愛たちは学園に、そして自分たちの周りに大変な事件が起きていることを知ってしまうのだった。

中学2年生の早瀬真理は、何事にも一生懸命で元気な女の子。 3年前に失踪した世界的科学者である父・永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスをいつも大切にしている。 ある時真理は、親友の水城和花の兄・旬の部屋で、かつて永司の研究室で見かけた本（『磁石と電気の発明発見物語』）を見つける。 真理は開いたその本からあふれたゆらぎに包まれて、タイムスリップしてしまうのだった。 アーミラリーコンパスが示すタイムスリップの先々で、真理は様々な科学者たちと出会い、 和花や旬と共に行方不明の永司の足跡を追ってゆく。そこへ、同じく永司の行方を追っていた実業家・御影丞の動きが影を落とす。 現代での永司失踪をめぐるドラマが縦軸に、過去で真理たちと科学者が繰り広げる発明・発見に関わるドラマが横軸に展開され、 それらが次第にシンクロして行く。

人間とお友達になりたいと願う、心優しい少 女“ごきチャ”。 けれど、みんなから嫌われているゴキ○リが ゆえに…。 人間の青年との出会い。ゴキ仲間“ちゃば”と の友情。 健気で可愛い“ごきチャ”目線で描かれるハー トフルストーリー。 ……あなたはお友達になってくれますか？