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アクエリオンのかつての激戦から１万２千年後—— 次元ゲートを超えた「異次元」からのアブダ クターが人間を拉致し、その襲来に人々はお びえて暮らしていた。これに対抗できるのは 「アクエリア」と呼ばれる合体兵器のみ。構 成する３機のベクターマシンに乗り込むの は、学園「ネオ・ディーバ」に集められた若 きエレメント候補生たちである。だが学園の 男女間は恋愛できないよう障壁で隔てられ、 男女間の合体もかたく禁止されていた。 ある日、エレメント能力を隠して孤独に生き てきた少年アマタは、少女ミコノと運命の出 逢いをはたす。 危機を目前にして彼女を抱いたままベクター マシンに乗りこんだアマタは、無意識に叫ん だ！——永らく禁じられた、その言葉を・・・。 その真の姿が明らかになったとき、敵味方の すべてが変わり始める。 恋愛禁止、男女合体禁止の状況で、《終わり を抱いた神話》が、いまここに起動する！

創聖紀0011年の地球――人類は、その人口の 2/3を失っていた。11年前の大異変が原因で ある。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅び たはずのアトランディアが出現、翼をもつ “堕天翅族”が蘇った。彼らは生物機械兵器 “神話獣”を次々と人類の都市に送り込み、人 間を捕獲していった。生体エネルギー“プ ラーナ”を摂取するためである。一方、人類 は反撃を期して、海底遺跡から3機のハイブ リッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘してい た。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込ん だとされる伝説の兵器である。ベクターマシ ンが合体することにより、 “機械天使アクエ リオン”が姿を現す。アクエリオンを動かす には、マシンの機械生命と感応、共鳴できる “エレメント”と呼ばれる人間が必要だ。それ には特に鋭敏な五感や純真な魂が要求される ため、10代半ばの少年少女たちがパイロット として集められた。そして、ついに“機械天 使アクエリオン”の合体するときが来た・・・。