新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

「エヴァンゲリオン」シリーズは1995年のTVシリーズ「新世紀エヴァンゲリオン」から始まり、映画、コミック、ゲームなど様々なメディアに展開、社会現象を巻き起こしたアニメーションシリーズ。2007年からは全4部による長編アニメーション映画『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズ及び『シン・エヴァンゲリオン劇場版』の公開を開始。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：破』は、その第2部となる。