遠い未来、遥か銀河の果て。人類は、異形の 怪生命体ヒディアーズと種の存続を賭けた戦 いを続けていた。 激しい戦いの最中、少年兵レドは乗機である 人型機動兵器チェインバーとともに時空のひ ずみへと呑み込まれる。 人工冬眠から目覚めたレドは、忘れられた辺 境の惑星・地球へと漂着したことを知る。 表面のほぼすべてを海に覆われた地球で、 人々は巨大な船団を組み、旧文明の遺物を海 底からサルベージすることで、つつましくも 生き生きと暮らしていた。 ここはそんな船団の一つ、ガルガンティア。 言葉も通じない、文化も習慣も異なる未知の 環境に戸惑うレド。 やむをえず、少女・エイミーらガルガンティ アの人々との共生を模索し始めるのだが、そ れは戦うこと以外の生き方を知らないレドに とって驚きに満ちた日々の始まりだった。

全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。 超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界＜ストーンワールド＞を前に、 千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。 新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。 しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる 『武力帝国』が立ちはだかる。 人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。 科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、 両国は遂に和解する。 仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、 そして、全人類を復活すべく、 科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！ 世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！ 石の世界＜ストーンワールド＞大航海時代がついに開幕する――‼

司帝国との戦いが終わり、コールドスリープした司を救うべく動き出した千空たち。 石化現象の謎を突き止める為、ついに科学王国は地球の裏側・新世界を目指す！ 航海に向けて船造りを始めた千空たちは、航海力100億の神腕船長を仲間にしようと、記 者だった南の情報をもとに、七海財閥の御曹司で、かつて帆船を乗り回していた男“七海龍 水”を目覚めさせる。 「はっはー！世界は再び俺の物だ‼」と豪語する龍水は、その圧倒的な強欲さで村に通貨を 作り、ゴージャスな暮らしを満喫。船長を引き受ける代わりに、資源の王様“石油”が欲し いと提案するが…？

時は近未来――2040年の日本・東京。 ある難病に侵された青年・怜人は幼なじみの絵理沙と再開を誓い、 病を治すため“コールドスリープ”することに。 5年後に目を醒ますと、世界は大きな変貌を遂げていた。 MK(Male Killer）ウイルスによって地球上の99.9％の男性が死滅。 地上波5人の男に対して50億の女性が存在する、超ハーレムとなっていた。 MKウイルスへの抵抗力を持つ男性“ナンバーズ”は、わずか5人。 その1人である怜人は、残された女性たちと人類の存続のため “メイティング”することを求められる。 パンデミック後の世界に待っていたハーレム生活。 同時に、怜人はナンバーズを巡る世界的な陰謀に巻き込まれていく。 押し寄せる誘惑を乗り越え、世界を救うことはできるのか。

2050年。父の興したメーカー・リビルド社で、「自律機械DZ(ディジィ)」への開発貢献により、若くして名声を得た技術者デリダ・イヴェン（主人公）。 デリダは、あるとき同僚のネイサンと共に「DZ」の重大な欠陥に気付くが、忠告に耳を傾けない上司に腹を立て、危険と知りながら対策を先延ばしにし、ネイサンの愛娘・マージュの誕生日を祝うパーティへとむかう。 しかし、穏やかなひとときを過ごしたその翌日、 デリダとネイサンは謎の部隊に襲われる。 逃避行の末、冷凍睡眠装置に落ちたデリダが再び目を開けると、 10年の時間が過ぎ、見渡す世界は荒廃し戦争状態になっていた！ 制御を失った「DZ」の群れに襲われ、何もかもを諦めそうになったそのとき、デリダはネイサンの最期の言葉を思い出す。 「マージュを頼む」 己に降りかかった運命に戸惑いながらも、 マージュを探すため、デリダは歩き出す。

人類の敵――〈アンノウン〉と戦争を続ける世界。 　数十年前の〈アンノウン〉侵攻時、コールドスリープ施設に避難させられていた子供たちは、その眠りから目覚めたとき、 己の身に超自然的な力――〈世界〉が発現していることを知る。東京湾ゲートから現れる〈アンノウン〉から国を護るため、 少年少女たちは東京・神奈川・千葉の各防衛都市で戦いを繰り広げるのだった。 東京をさがら総、神奈川を橘公司、千葉を渡 航が担当し、 “QUALIDEA”を作り上げる。