人気シリーズの劇場版。学園都市製宇宙エレベーター『エンデュミオン』。その完成を目前に控えたある日、上条とインデックスは鳴護アリサと出会う。三人で放課後を楽しんでいた時、魔術師を引き連れたステイルが突如襲いかかってくる。そのターゲットはアリサだった。魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ率いる秩序維持部隊を展開する。上条たちを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルは、こう言う。「そこの彼女は、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねない」と――。