冬木市の穂群原学園初等部に通うイリヤ（イリヤスフィール・フォン・アインツベルン）は、義理の 兄に淡い恋心を抱いているごくごくフツー（?）の女の子。しかしある晩、空からお風呂場に乱入して きた魔法のステッキ マジカルルビーに言葉巧みに騙され、強制契約を結ばされてしまう。 魔法少女プリズマ☆イリヤとなったイリヤは、ステッキの元持ち主 遠坂凛には「私の代わりに戦いな さい」と命じられる始末。冬木市に眠るという、英霊の宿るカードの回収をする二人の前に、美遊と 名乗る謎の美少女が現れて･･･。はたしてイリヤは全てのカードを回収し、冬木市を救うことができる のか･･･!?