時は19世紀末。古くから続く完全階級制度により、上流階級の者たちに支配された大英帝国。モリアーティ伯爵家の3兄弟は、新たな領主としてダラムの街へ移り住むが、この地にも根深い差別意識が生み出す“悪”が蔓延っていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、犯罪相談役（ルビ：クライムコンサルタント）として、腐敗に満ちた社会に変革をもたらしていく――。 ロンドンの探偵シャーロック・ホームズは、アイリーン・アドラーという女性の調査を依頼される。一方、シャーロックの兄マイクロフトは、アイリーンが手に入れた機密文書の奪還と彼女の抹殺をアルバートに命じる。国家を揺るがす文書と謎多き女アイリーンの存在が、犯罪を仕立てるウィリアムと、犯罪を暴くシャーロックの運命を近づけていく……！

まとまった休みを利用して、恩師の小林オペ ラを訪ねるため、ロンドンの地に降り立った シャロ、ネロ、エリー、コーデリアのミル キィホームズたち。ロンドンに着いた早々、 ひったくりの現場に遭遇した4人は、被害に あった女の子を持ち前のトイズを駆使して助 け出す。彼女の名前はリリー・アドラー。ミ ルキィホームズのトイズの力を目の当たりに したリリーは、シャロたちの薦めに従い、小 林オペラに対して、盗まれた自宅の絵画を取 り戻して欲しいと依頼する。彼女のひいお祖 父さんジョン・アドラーが描いたもので、市 場価値はないが、家族にとってとても大切な ものだという。依頼を受け、早速動き出す小 林とミルキィホームズ。すると、他にもジョ ンの描いた絵画がロンドン市内で2点も盗ま れていることが判明する。無名画家の絵画 が、なぜ3点も盗難に。単なる絵画盗難事件 ではないという危惧を感じた小林は、ミル キィホームズたちと他の被害者宅を訪れる が･･･。