不殺を誓う流浪人・緋村剣心は、明治11年、東京で神谷薫と出会う。 ニセ抜刀斎事件が縁で神谷道場に居候することになったが、御庭番衆や刃衛など幕末を生きた修羅たちが次々と剣心に襲いかかり…!?