クリスマスが間近に迫ったある冬の日。学校に向かったキョンはいつもの日常と違うことに気づく。後ろの席にいるはずのハルヒがいない……。さらに驚くべき事に、その席に座っていたのは、(『憂鬱』にて)キョンを殺そうとして長門に消滅させられたはずの朝倉だった！

たとえば、窓の外の星を見つめているとき。たとえば、一日のおわりに秘密の日記を書いているとき。 不思議な出来事は突然空から降ってくる――。 騒がしい街には、電車で数駅。 ほんのちょっと不便だけれど、静かで展望台があって、流れ星がたくさん見える・・・ そんな町、舞方市星ケ丘。ここは『世界で一番星に近い町』と呼ばれている。 そんな星ケ丘にひとつだけある学校「星城学園」に通う石蕗正晴（つわぶきまさはる）は、 少しだけ不器用 だけど、どこにでもいる普通の男の子。 学年も変わって新しくなったクラスで今まで一度も話したことのな かった同級生たちと話すことは、 不器用な正晴には少し難しいことだった。 五月のある日――正晴の生活は１８０度変わってしまう。 あるハプニングから飲んだ怪しいジュースのせいで、正晴は日が暮れると 小さな羊のぬいぐるみになってしまうのだった！！

死者は、誰――? その学校のそのクラスには、誰にも話してはならない“秘密”がある―― 1998年、春｡ 夜見山北中学に転校してきた 榊原恒一(15歳)は、何かに怯えているようなクラスの雰囲気に違和感を覚える｡ 不思議な存在感を放つ美少女、見崎鳴に惹かれ、接触を試みる恒一だが、いっそう謎は深まるばかり｡ そんな中、予想もしなかった惨事が!・・・・・・この“世界”ではいったい、何が起こっているのか・・・? “新本格ミステリ”ムーブメントの旗手・綾辻行人がおくる、いまだかつてない学園ミステリ&ホラー｢Another｣驚天動地の学園本格ミステリホラーがついにTVアニメ化!キャラクター原案は｢涼宮ハルヒの憂鬱｣などの大ヒット作品を手掛ける【いとう のいぢ】が担当!監督：水島努、キャラクターデザイン：石井百合子、そして…アニメ制作：P.A.WORKS大ヒットを連発しているスタッフ&スタジオが、超豪華チームを結成し、ホラーアニメの決定版に挑む｡

｢この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上!｣ 入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。 そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。 それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。 涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体｢SOS団｣が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。

若き「超人主義者」たちを巻きこんだ新宿騒乱。暴走する破壊活動を起こした爾朗は、超人課を離脱して孤高の旅路へと出奔した。 世界大戦終結から四半世紀――神化45年を境界として、何もかもが激変する。日本という国家の性質、超人たちに対する態度、 冷戦構造を前提に緊迫する国際情勢、内政や商業活動に大きく干渉してくるアメリカ。 もはや神化40年代前半の高揚した時期に戻ることはできないのだ。 　そして「超人」は、もはや特殊能力を悪事に使うアウトロー集団か、それを権力のもと弾圧する国家機関に配属された超人かで二分されるようになった。 そこに「超人」の自由はないのか。国家に隷属する以外の行動の選択はないのか。 　幾重にも折り重なった人の思惑、交錯する社会的立場と地位の中、アウトローとなった人吉爾朗にとって、 「超人を護りたい」という行動原理の遂行は、より苦難に充ち、孤高の道となっていく。 　流れの中心には、爾朗自身に隠された秘密があるのだが、まだ彼はそれを知らない。 　第１シーズンでモザイクのように散りばめられた無数の要素が、新たに語られる超人や秘匿されてきた歴史の真実と化合してスパークを放つ。 「もうひとつの日本」で展開する多彩な超人たちの饗宴は、いまクライマックスへと高まる！

平凡な高校生・坂井悠二の日常は、ある日突然消滅した。 異界から渡り来た、人の“存在”を灯りに変えて喰らう化け物“紅世の徒（ぐぜのともがら）”が悠二を襲う。 逃げることも忘れ呆然と立ちすくむ彼を救ったのは、紅蓮の髪と瞳をもつ謎の少女だった。 そして──その少女は、悠二にこう告げた。 「おまえはもう【存在】していないのよ」と。 「存在亡き者（トーチ）」であった悠二と、彼に“シャナ”と名付けられた少女は、悠二の 中に宿る宝具を監視するため御崎市に留まることに。 そして二人は、彼をトーチに変えた元凶、この街に潜む紅世の王“狩人”フリアグネと対峙する……。 劇場映画では、すべての起点となる原作小説第I巻を再構成。 『灼眼のシャナ』のはじまりの物語が描かれます。

人ならぬ者たちが、この世の日に陰に跋扈 （ばっこ）している。 古き一人の詩人が与えた彼らの総称を、“紅 世（ぐぜ）の徒（ともがら）”という。 自らを称して“渦巻く伽藍（がらん）”、詩人 名付けて“紅世”──この世の歩いてゆけない隣 ──から渡り来た彼ら“徒”は、人がこの世に存 在するための根源の力、“存在の力”を奪うこ とで自身を顕現させ、在り得ない不思議を起 こす。思いの侭に、力の許す限り、滅びのと きまで。 彼らに“存在の力”を喰われた人間は、いな かったことになる。 これから伸び、繋がり、広がるはずだったも のを欠落させた世界の在り様は、歪んだ。 “徒”の自由自在な跳梁（ちょうりょう）に伴 い、その歪みは加速度的に大きくなっていった。 やがて、強大な力を持つ“徒”たる“紅世の王” らの中に、そんな状況への危惧を抱く者が現 れ始め。大きな歪みがいずれ、この世と“紅 世”双方に大災厄を齎（もたら）すのではな いか、と。 そして、一部の“紅世の王”らは同胞を狩ると いう苦渋の決断を下した。 彼らの尖兵、あるいは武器となったのは、 “徒”への復讐を願い誓った人間──己が全存在 を“王”の器として捧げ、異能の力を得た人間 ──討滅者“フレイムヘイズ”。 その日、日常を浸食した“徒”により全てを失 い、自身がトーチという仮初めの存在である と知らされた少年と、「贄殿遮那のフレイム ヘイズ」と呼ばれる少女が出会った。 これは、“ミステス”坂井悠二と『炎髪灼眼の 討ち手』シャナの物語である。

[仮装舞踏会（バル・マスケ）]との戦いを終え、平和を取り戻した御崎市。 存在亡き者・坂井悠二は、トーチでありながらも、 御崎市に定住を決めたシャナと共に学校生活を送っていた。 しかしそんな彼らの許に、 “ミステス”悠二が身の内に宿す宝具『零時迷子』を狙い、 新たな“徒”がやってきた。その蝶のようなシルエットを持つ“徒”は、 妖しく鈴を鳴らし自在法を展開した ─ 。 『零時迷子』の謎が紐解かれるとき、坂井悠二とシャナの物語が再び始まる。