あの日のあなたが此処にいる。青春よりも純粋で、純愛よりも残酷なひと夏の思春期グラフィティ。幼少期に母親と死別して以来、心に傷を負った少年 弘瀬琢磨。療養の為、亡き母の郷里に転校してきた彼は、そこで三人の少女に出会う。光が死んだあの夏。僕らは限りなく透明な少女たちに出遭った。

あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！

高校１年生の霧島海人は、８ｍｍカメラを片手にレンズ越しに見える湖の風景を眺めていた。 すると突然、天空から眩い光が差し込み突風にさらされ、そのまま湖に落ちてしまう。 そして次に海人が目を覚ましたのは、なぜか、自室のふとんの上だった。 その当日、海人が通う高校の３学年に赤毛の少女・貴月イチカが転入してくる…。