「――見えた？」 くくるは、そっと、がまがま水族館のヒミツを教える。 「ここではときどき、『不思議なもの』が見えることがある」 夏の日差しが降り注ぐ、沖縄。 那覇市内からバスに乗り1時間あまり揺られた先に、その水族館はある。 沖縄本島南部、美しいビーチのすぐ脇にある、ちいさな、すこしさびれた「がまがま水族館」。 18歳の女子高生・海咲野くくるは、そこでまっすぐ、ひたむきに仕事をしていた。 祖父に替わって「館長」を名乗るほど、誰よりもこの水族館を愛している。 ある日くくるは、水槽の前で長い髪を揺らしながら大粒の涙をこぼしていた女の子・宮沢風花と出逢う。 風花は夢だったアイドルを諦め、あてもない逃避行の先に、東京から沖縄へやってきたのだ。 がまがま水族館に流れる、ゆっくりとした、やさしい時間。 居場所を求めていた風花は、「水族館で働きたい」と頼み込む。 出会うはずのなかったふたりの日常は、こうして動き始めた。 しかし、がまがま水族館は、「不思議」と一緒に、「閉館の危機」という大きな問題を抱えてもいた。 迫りくるタイムリミットを前に、ふたりは立て直しを目指して動き始める。 かけがえのない場所を、あたたかな寄る辺を、守るために。

2043年7月15日、各々のプレイヤーによって千差万別、否、“無限”のパターンの進化を辿る独自のシステムを有するダイブ型VRMMOが発売された。 それまでのVRMMOが実現できず、技術的に不可能とされてきた要素を備えていたは瞬く間に一大ムーブメントとなって世界を席巻した。 大学受験を終えて東京で1人暮らしを始めた青年・椋鳥玲二は、長い受験勉強の終了を記念して、かねてより兄に誘われていたを始めるのだった──。

世界中の魔力が消失してから1000年近くの時間が過ぎ、すでに魔法は人々の記憶からもすっかり忘れられていた。 そんな世界で生きる明るく元気な高校生、小日向満月は前向きに暮らしながらも、心のどこかに不安を抱えていた。 自分には何もない――。 勉強も運動も得意ではない彼女は、自分だけにできる“何か”に憧れていた。 夜空の月がやけに大きく感じられた満月の晩。 彼女はもうひとりの月の名を持つ少女、新月エルネスタ深海と出会う。 それは魔法人形“アルマノクス”との遭遇でもあった。 満月の運命の歯車が、軋んだ音を立てて今動き始める――。

ウェブ上の仮想世界で行われるオンライン型対戦格闘ゲーム≪ブレイン・バースト≫。 プレイヤーである《バーストリンカー》たちは、現実の1000倍に≪加速≫した世界で、戦いを楽しんでいた。 私立梅郷中学に通う有田春雪（ハルユキ）もそのひとり。 高円寺を拠点とする≪ネガ・ネビュラス≫に所属する彼は、≪軍団≫の長である黒雪姫と共に、渋谷エリアでの≪領土戦≫を戦っていた。 そこに訪れた≪変遷≫と漆黒の巨大な竜巻、そして突然の回線切断。 本来、起こるはずのない不可思議な現象は、≪加速世界≫を徐々に侵食し、竜巻に包まれたエリアでは、≪加速≫することができなくなってしまっていた。 いったい、≪加速世界≫に何が起こっているのか？原因を突き止めるべく、ハルユキと仲間たちは、黒い竜巻に立ち向かう――！

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