西暦2068年。銀河辺境のウィンダミア王国と新統合政府の紛争は、ハヤテやミラージュの所属するバルキリー隊と戦術音楽ユニット“ワルキューレ”の歌の力により鎮静化した。ワルキューレは、フレイアの故郷ウィンダミアで、停戦記念LIVEを開催。。だが、謎の戦闘部隊ヘイムダルの戦艦があらわれ、ウィンダミアの村を襲撃した。ヘイムダルが送り出すバーチャロイドと無人可変戦闘機Sv-303にワルキューレとΔ小隊は翻弄されてしまう…。

これは、ある少女の記憶から始まる物語。 18世紀、大西洋。 父と船旅へ出ていたフェナ・ハウトマンは海賊に襲われ、 たった一人小型ボートで漂流し、命をつなぎ留める。 フェナが漂着したのは、国家が黙認する娼婦・男娼の島だった。 10年後──。 雪のような肌と白銀に光る髪を持ち、 美しく成長したフェナは、初めての“仕事”を目前に控えていた。 だが、それを受け入れることはできず、 幾度となく想像してきた島からの脱出を決心する。 迫りくる追っ手に絶体絶命のフェナは、 真っ赤な鎧に鹿の角の兜をまとった青年・雪丸に救われる。 雪丸は、フェナを「見つけ出す」と約束した少年だった。 そして2 人の“再会”は、フェナ自身に眠っていた言葉を呼び起こす。 炎に包まれ、沈みゆく船。 「必ず俺が見つけ出す！」と約束した少年。 そして最愛の父が叫んだ、あの言葉──。 「に向かえ！」 フェナはその真意を知るべく、 雪丸たちと共にの謎を解く船旅へ出る。

羽鳥チセは15歳の少女。 彼女は帰れる場所も、生きる理由も、そのための術も、何も持ち合わせていない。 ただひとつ、生まれ持った特別な力を除いて。 そんなチセを弟子として、そして将来の花嫁として迎え入れたのは、異形の魔法使い・エリアス。 悠久の時を生きる魔法使いの暮しの中で、チセは大切な何かを少しずつ取り戻していく…。 これは、世界の美しさを識る為の物語。

湾港都市「リブラシティ」。 政治・経済・文化の中心であり、街の“富”が結集した「アッパーサイド」と、汚職や犯罪に溢れ、人々がお互いを疑い合わざるを得ない「アウドサイド」、その両エリアを分かつ巨大な運河と、一本の「橋」。 これらにより構成される、まさに人間の“差別意識”が顕在化した様な街である。 そんな「アッパー」から「アウドサイド」に赴任してきた、若き女性刑事・ソニアは、数々の事件を追う中で、人間を守るために戦う、醜い姿の3人と出会う。 彼らは一体何者なのか・・・？ 妖怪人間3人は、それぞれの思いを抱えながら、正体を隠し生きていた。 人間に仇為す悪を倒すことで、人間になろうとする「ベム」、人間に憧れ、人間と同じ学校に通い、人間を理解することで、人間になることを目指す「ベラ」、人間や世間に達観し、冷めた様子でゲームの世界に没頭する「ベロ」。 彼らはいくつもの事件や、人間たちとの触れ合いの中で、傷つき、悩む。 人間のために戦っても、その醜い姿から、決して人間に受け入れられることはない…。 そんな3人を探す1人の存在がいる。 リブラシティを裏で牛耳る「見えざる議会」を操り、ベムたちを確保しようとする彼女の目的は果たして？