東京都高度育成高等学校。進学率、就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される楽園のような学校だが、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校だった。問題児の集まるDクラスに配属された綾小路清隆は、Aクラス昇格を目指すクラスメイトの堀北鈴音に協力。無人島でのサバイバル試験を終え、豪華客船で束の間の休息を堪能するのだが……。そこでは各クラスが入り乱れた新たな特別試験が始まろうとしていた。クラスのためか、グループのためか、あるいは個人のためか――。他クラスが不穏な動きを見せる中、まとまりに欠けるDクラスは窮地に立たされる。信頼と疑念の狭間で揺れ動く生徒たちは、真実を看破できるのか。新たな学園黙示録が今、再び幕を開ける。

私立藤美学園は、たった一人の侵入者－＜奴ら＞によって地獄の坩堝と化した！＜奴ら＞は人を襲い、喰らい、新たなる＜奴ら＞を生みだし学園を席巻。悪魔の世界と化した学園内で、小室孝と幼馴染の宮本麗、親友の井豪永は、一時避難する。しかし、麗をかばい＜奴ら＞に噛まれた永は＜奴ら＞と化してしまう・・・・残された二人は、他の生き残り、級友の高城沙耶、平野コータ、剣道部主将・毒島冴子、校医の鞠川静香と合流、学園を脱出する決意を固める！彼らに生きのびる術はあるのか！？