ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。