あの戦いから2年。セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。「罪って許されるのか。」長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。敵の目的は何なのか？なぜ人々が病に倒れるのか？人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは―。