西暦2030年、情報ネットワーク化が進む中、犯罪の芽を探し出しこれを除去する攻性の組織が設立された。内務省直属の独立部隊、公安9課。通称「攻殻機動隊」である。彼らの役割は、深刻な電脳犯罪への対処、要人警護、暗殺、政治家の汚職摘発から、凶悪犯罪の捜査にまで、多岐に渡る。“少佐”と呼ばれるサイボーグ・草薙素子を中心に、9課のメンバーはネットの闇に潜む犯罪に敢然と立ち向かっていく！

人口減少のため、労働をロボットやアンドロイドに担わせることが推奨される世界。 持ち主のいないアンドロイドの四人、コバルト、クロム、ケイ、ネオンは、電気代を稼ぐためアンドロイドたちによる歌唱パフォーマンスステージで賞金を得ようとしていた。 ステージをきっかけにある少年と出会った四人は、特別なプログラムが作動する。

『スタンド（STand Alone National Department）』麻薬取締官、刑事、情報屋、著名人、名家の人間といった官民に関係なく適正のある者で構成された、薬物絡みの事件を取り扱う独立捜査機関。新人マトリである泉玲は、スタンドの候補者として選出されたメンバーのスカウト役に任命される。その候補者として選出されたメンバーを待ち受けていたのは、異なる正義を持つ組織間の対立と、謎のドラッグに紐付く未解決事件であった。彼らがたどりつく真実とは―――