ごくふつうの町で、穏やかに満たされた生活をおくる人々がいた。 しかし彼らは、それが、偽りの平和であることを知らなかった。 知られざる真実…。 地球はすでに、滅んでいるということを…。 宇宙からの謎の異星人勢力の攻撃を受け、人類は99.9％が死滅。 その敵は『ドラクター』と名付けられた。 やがて地球には大きな穴があけられ、 異星人の居住に適した環境にテラフォーミングされた。 人類は彼らの目を逃れ、シェルターに身を潜めるしかなかった。 いつ訪れるかわからない、復活の日を待ちながら…。 シェルターイクシアの住人たちは、滅びの日の記憶を消され、 何も知らず普通の生活を送っていた。 しかし、その中の一部の『選ばれし者』たちは、パイロットとなり、 『ローグ』と呼ばれる巨大ロボットを駆り、異星人と戦っていた。 そして、今日もまた、新たなパイロットが選出される…。

時は近未来――2040年の日本・東京。 ある難病に侵された青年・怜人は幼なじみの絵理沙と再開を誓い、 病を治すため“コールドスリープ”することに。 5年後に目を醒ますと、世界は大きな変貌を遂げていた。 MK(Male Killer）ウイルスによって地球上の99.9％の男性が死滅。 地上波5人の男に対して50億の女性が存在する、超ハーレムとなっていた。 MKウイルスへの抵抗力を持つ男性“ナンバーズ”は、わずか5人。 その1人である怜人は、残された女性たちと人類の存続のため “メイティング”することを求められる。 パンデミック後の世界に待っていたハーレム生活。 同時に、怜人はナンバーズを巡る世界的な陰謀に巻き込まれていく。 押し寄せる誘惑を乗り越え、世界を救うことはできるのか。