リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。 事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。 一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為に、「モニターサイボーグ」なるスパイロボットを各地へ配置していた。 その最も有力な標的は、「自分より強い奴に会う」という目標を抱え、流転の旅を続けながらストリートファイトに励む格闘家・リュウであった。

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20XX年、アジアの小国で勃発した内戦は、国 連軍の介入をもってしても拡大し、泥沼化し ていたが、戦地で偶然撮影された一枚の写真 によって、和平への動きが一気に加速した。 それはフラッグの写真――敵同士であるはずの 兵士が戦闘中に互いに協力して聖地に旗を掲 げる姿――だった。 フラッグは平和の象徴となった。 しかし停戦まであと一歩のところで、妨害を 謀る武装勢力過激派にフラッグは奪われてし まった。 国連は極秘裏にフラッグを奪還すべく、 ＳＤＣ（Special Development Command）" シーダック"の投入を決め、 さらにその活動の全てを記録するためカメラ マンの帯同を命じた。 この任を依頼されたのは、白州冴子。彼女こ そ、ことの発端であるフラッグの写真を撮っ た本人であった。 最新の強化装甲服ＨＡＶＷＣ（High Agility Versatile Weapon Carrier）"ハーヴィック" を装備し、 容易な作戦と考えていた部隊は、予想もしな い反撃に遭い、苦戦を強いられる。 相手はただの武装勢力ではないのか？ 部隊に同行する白州のカメラは、戦いの底に 隠された真実に迫っていく─。

1966年、秋。ベトナム戦争最中の、日本の中のアメリカ－米空軍・横田基地。ファントムＦ４戦闘機があわただしくスクランブル発進する基地周辺を殺伐とした空気が包む中、街では不審な自殺が相次いでいた。地下鉄・銀座線、浅草行最終電車。殺風景な車両にたたずむひとりの少女。大人をも射すくめる強い眼差しと、堅く結ばれた唇が秘めた意思を物語る－彼女の名は小夜（ＳＡＹＡ）。人間社会に身を潜めた吸血鬼＜翼手＞を倒すため、＜組織＞が送り込んだ救世主。セーラー服に身を包んだ小夜は、日本刀を武器に基地内のアメリカンスクールに潜入したが・・・