光を放ちながら、地球の隅々から集う海の生物たち。 巨大なザトウクジラは“ソング”を奏でながら海底へと消えていく。 ＜本番＞に向けて、海のすべてが移動を始めた―――。 自分の気持ちを言葉にするのが苦手な中学生の琉花は、夏休み初日に部活でチームメイトと問題を起こしてしまう。母親と距離を置いていた彼女は、長い夏の間、学校でも家でも自らの居場所を失うことに。そんな琉花が、父が働いている水族館へと足を運び、両親との思い出の詰まった大水槽に佇んでいた時、目の前で魚たちと一緒に泳ぐ不思議な少年“海”とその兄“空”と出会う。 琉花の父は言った――「彼等は、ジュゴンに育てられたんだ。」 明るく純真無垢な“海”と何もかも見透かしたような怖さを秘めた“空”。琉花は彼らに導かれるように、それまで見たことのなかった不思議な世界に触れていく。三人の出会いをきっかけに、地球上では様々な現象が起こり始める。夜空から光り輝く彗星が海へと堕ちた後、海のすべての生き物たちが日本へ移動を始めた。そして、巨大なザトウクジラまでもが現れ、“ソング”とともに海の生き物たちに「祭りの＜本番＞が近い」ことを伝え始める。 “海と空”が超常現象と関係していると知り、彼等を利用しようとする者。そんな二人を守る海洋学者のジムやアングラード。それぞれの思惑が交錯する人間たちは、生命の謎を解き明かすことができるのか。 “海と空”はどこから来たのか、＜本番＞とは何か。

物語の幕開けは、アメストリスの首都・セントラルにある中央刑務所。刑期終了を間近に控えたひとりの囚人が、この刑務所から脱獄を果たした。その男――メルビン・ボイジャーが操る強力な錬金術に興味を惹かれたエドワードと弟のアルフォンスは、男の跡を追ってアメストリスの西、大国・クレタとの国境を目指すことになる。 彼らがたどり着いた先は、巨大な崖に周りを囲まれた街・テーブルシティ。かつて「ミロス」と呼ばれていたこの地で、ふたりはジュリアという一人の少女に出会う。少女の言葉に導かれ、エドたちはこの地に隠された、血塗られた歴史を知ることになるのだった……。

筧京太郎は、読書が生き甲斐の高校二年生。 優秀な人材が集うマンモス校「汐美学園」に通い、一人きりの図書部で本を読みながら、 必要以上に他者と関わる事無く、平穏な毎日を過ごしていた。 ある朝、筧に一通のメールが届く。 「今日、貴方の運命を変える出来事があるでしょう」 差出人は「羊飼い」。 それは頑張る人の願いを何でも叶えてくれるという、汐美学園で最も有名な謎の存在からのメールだった。 その直後、筧は自らの第六感で同級生の少女を路面電車の脱線事故から救う。 そしてそこから筧の日常は急速に騒がしくなって行く。 筧が助けた少女、白崎つぐみは図書部に入り、学園をより楽しくするという「汐美ハッピープロジェクト」に筧を勧誘する。 期限付きで承諾した筧だったが、部長である白崎やその友人の桜庭、後から入部した後輩の鈴木や御園、 図書委員の小太刀という個性的なメンバーに囲まれて日々を過ごす内に、だんだん筧の心境にも変化が現れて－－ 学園の小さな悩みを解決して行くことで、図書部は絆を深めて行く。 その一方で、彼らのそばにはいつも不思議な羊飼いの示唆があった。 羊飼いとは何者なのか、その目的は何なのか。 徐々に核心に近づく筧に、一つの真実が明かされる。 重大な選択を迫られた筧が、最後に出した答えとは－－

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