「工作された再生数」を厳密に算出することが難しいとありますが、少なくともマイリストはアカウントと直接結びついてるもののためアカウントを停止した分のマイリスを解除すればいいのではないでしょうか
工作に使用されたアカウントのうち約8割は停止されたと聞きましたがマイリストの登録が解除された気配がありません

続いて合計ランキングについてですが合計ランキングについてですがリセットした時点で合計ではありませんのでネーミング詐欺です。正確な総合ポイントを導き出せないのがリセットの理由とありますが正直合計ランキングは他と毛色の異なるランキングであるため逆にむしろ総合ポイントは必要ありません。合計ランキングのみ再生数、コメント、マイリストの3ソートの提供として欲しいです。これで断続性と総合ポイントの解析の危険の二つ両方が潰せます。

続いて過去ランキングはタグが入れ替わるため提供が難しいとありますがジャンルは固定なのでジャンルまでであれば提供できるのではないでしょうか
ページのデザインとしては大カテゴリがなかった2009年10月以前の仕様を適用すればいけるかと思います