大百科は最初からイラスト投稿サイトではありませんよね？
イラスト投稿の観点で考えるのは大百科サイトという観点が抜け落ちてます。

そもそもお絵カキコが使われなくなったのは、静画サイト以前にFlash版を利用するためにブラウザ側でFlashを使えるようにする必要が生まれたり、HTML5版の機能が極端に欠如しているのもあります。
最低限、透過、レイヤー、バケツ機能がないと話になりません。（とりあえずレイヤーにフィルタが無くても下書きやパーツ単位で管理など使い道はあります）

記事への素材という観点から見た場合
静画は削除されることがあるので積極的には使いたくないことも多いです。
静画では透過処理されていても記事では透過されなかったりの問題もあります。
よってFlash版終了で透過素材の供給は現状見込めません。

すでに開発能力など持ち合わせていなくて、機能実装が難しいのであれば、編集者が自由に使える大量の素材集を運営側で用意して頂ければ記事素材としての問題点はかなり解消されます。
インラインでSVGなどが使えるようにしてもらえるのでも解決します。
RGB指定にAを使えるようになるだけでも誤差程度に解消する部分はあります。（opacityだけではできないことも多い）