仕様変更の是非に関する事とはまた別なのですが、
運営側からの制限という選択肢の他にもNecosenユーザによる自主的な総意による自治を重視する、「スキップのハードルを下げる」という措置も検討してみてはどうかと思います。
現状どの程度の割合でスキップされるのかは把握していません、しかしサービスを利用している体感ではそのリクエストを疑問視している意見が一定数ある中でも、動画がスキップされず最後まで再生されるケースが殆どで、スキップリクエストという機能そのものが形骸化してしまっている様に感じます。
また、そういったスキップリクエストの機能不全がユーザがストレスを募らす原因にも繋がっているのではないでしょうか。
ユーザーが快適にサービスを利用出来る環境を整えるため、多角的な視点でユーザーのストレスを解消させていく方向性での修正・発展を切に望みます。