PHP5.6系ソースインストール後の解説です。
NginxでPHPを動作させるために、php-fpmを設定します。

※php追加モジュール用ディレクトリを作成します
mkdir /usr/local/php/etc/php.d
※iniファイルをコピーします
cp php.ini-production /usr/local/php/etc/php.ini
※fpmのconfファイルをコピーします
cp sapi/fpm/php-fpm.conf /usr/local/php/etc/php-fpm.conf

※fpmの基本設定サンプルです。
vi /usr/local/php/etc/php-fpm.conf