MySQL5.6系ソースインストール設定後の解説です。

※confファイルをコピーします
cp /usr/local/mysql/support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
※起動スクリプトをコピーします
cp /usr/local/mysql/support-files/mysql.server /etc/rc.d/init.d/mysqld
chmod +x /etc/rc.d/init.d/mysqld