はだしのゲンに限った話ではないのですが、実体験を装ったトンデモ戦争体験本がさも歴史の真実のように扱われている現状がそもそもの原因。
閲覧制限自体はやり過ぎだと思いますが、馬鹿げたファンタジーに基づいて当時の戦争について言及する風潮が日本に蔓延していたためにこのような騒動になったことを考えればこれからも似たようなことが起きるでしょうね。

はだしのゲンを漫画として扱うならともかく、歴史の真実みたいに持ち上げるのは止めるべきでしょう。