生き物の細胞はたくさんあってもそのほとんどはほぼ同じだから、まずそれを省けばかなり情報量が減る。
それから完全にコピーする必要無いかも、マクロな状態ではミクロな変化の影響をある程度受けないため、部位ごとに影響の出ない許容率が判明すれば更に情報量が減らせる。
また、人間の構造自体も個人さはあっても種として同じなら作りもほぼ同じなため、共通設計図をまず持っておいてて個人の差分だけを送るようにすればもっと減る。

って具合に意外と考えたら方法なんていくらでも思いつくんじゃないかな？
個人的には死んじゃう再構築のテレポートより、ワームホールだの時空間を曲げるテレポートの方が良いけど。