もう一つ。ご提示いただいたこちらの資料ですが、
＞http://monge.tec.fukuoka-u.ac.jp/r_analysis/test_anova21.html

これは分散分析、ないし実験計画法に基づく分析の解説であって、回帰分析の説明にはなりません。分散分析では水準をそろえることが必要ですけど、回帰分析はそれぞれの因子を基本的に独立と見なしますから水準をそろえる必要はあまりないと考えております。