私も便乗して、VC以外も含めいくつか書いてみます。

・VC（WiiU & 3DS）
▼ファイナルファンタジー1（FC）
　・希少価値★★
　・独自観点★★★
FF1の移植は数多くありますが、FC版をプレイするには実機を除くと実は今のところVCしかありません。
近年FC版のFF1は高騰傾向にあるので、気になる方は確保した方が良いかと思います。

・VC以外（3DS）
▼3Dクラシックス・シリーズ（ゼビウス、ツインビーなど）
　・希少価値★★★★
　・独自観点★★★★★
▼セガ3D復刻プロジェクト・シリーズ（スペースハリアー、アウトランなど）
　・希少価値★★★★
　・独自観点★★★★★
どちらも過去のゲームの復刻ですが、3DSの裸眼立体視を重視しており3DS以外ではプレイが不可能です。
3Dクラシックスではゼビウス、セガ3D復刻ではスペースハリアーの立体感がおすすめです。

・個人的に確保した物
▼ぐるみん3D
　・希少価値★★
　・独自観点★★
日本ファルコムのアクションRPGを３DSに移植したものです。ぐるみん自体はSteamなどでもプレイ可能ですが、立体視対応はこれだけなので気になる人はプレイしてみるのもありかと思います。

他にも色々あるのですが、VC以外でも3DSで立体視対応の気になるゲームは今のうちに確保しておいた方が無難かと思います。