PC9801-86ボードを入手したけど、どうやっても認識しなくて別の個体に交換したらすんなり認識したっていう人を知っているので、ボード故障の可能性が高そうです。年代ものなので、故障していてもおかしくないかも。認識しても音がちゃんと出ないというトラブルもあるようです。
ちなみに、PC-9821V13というかValueStarの時代ですと、CPU速度が速すぎる関係で、FM音源が認識できても正常に音が出ない（特殊な間接ドライバで無理矢理FM音源へのアクセスを遅くすることで対応させられますが、知識が必要）などの二次的なトラブルもあるので、Cx2の方が無難かもしれませんね。
あとN88BASICにて砂嵐になるっていう現象ですが、「GDCクロック」を「2.5Mhz」に変更すると治ります。これは恐らくCx2でも同じです。大体のソフトはこの設定で問題ありません。タイチョーさんが学生時代に触っていた遅いPCに合わせるのであれば、上記設定に加えてCx2でCPUスピードを「Low」にすればいいかも？