以下、長文失礼します。
・MPU-PC98IIの話
MPU-PC98IIはCバスに差して使うものなので、そのまま現在86ボードを差そうとしているスロットに差せば使えます。もちろん、対応のドライバやゲームが必要です。
しかし、PC-98全盛期のゲームは26音源がほとんどで、MIDI対応のゲームはほとんど無かったような。MIDI対応になる頃にはもう全盛期は終わっていて、残るはファルコムのRPG、エ○ゲー、光栄などのシミュレーションぐらいしか98には残っていなかったような気が。恐らくタイチョーの好みのゲーム(アクション系)はMIDI対応の時代にはもう無いのではないかと。
PC-98の世界ではMIDIボードはゲームプレイより音楽制作に使われていた感が強いです。(例:ミュージ君、ミュージ郎。)

・PC-9801のお勧めの機種は何か
HDD内蔵という条件は特に入れなくても良いのではないかと思います。というのも、PC-98全盛期のゲームはFDが大半で、「HDDインストール『専用』ゲーム」というのはまだありませんでしたから。せいぜいあったのが「FDで運用する想定だけどHDDインストールもできるよ」というタイプ。でもデータ量が少ないので、FDの入れ替えをゲーム中にやっても全然苦痛なレベルじゃありません。それにHDD内蔵機種は価格が高かったので、当時所有している人は全くと言っていいほど居ませんでした(SCSIボードで外付けという人ならいた)。つまり中古のタマ数も元々少ないということです。
あと、FDDは5インチか3.5インチか、というのがありますが、これは中古ソフトの流通量はどちらが多いかに因るでしょうね(私はここは知りません)。
それから、タイチョーの好みはシミュレーション&アドベンチャー(PC-98はこれらが大半)よりアクションでしょうから、どうせ買うならPC-98よりはPC-88の方が良いのではないかと個人的には思います(サウンドボードIIを内蔵したPC-8801FAなどお勧め)。PC-88のヴァリスIIのサウンドボードII搭載機種ならプロの声優の声で喋りまくってます(98版は喋らない)。 または今持っているMSXのソフト(アクションやシューティングが多い)を増やしていくとか。