(1) MS-DOSのドライバやCONFIG.SYS等ファイル記述を疑う前に、まずは非DOS環境なゲーム(例:イース3)で動作確認して成功/失敗を切り分けした方が良いでしょう。イース3は26音源のみですが、これを86音源ボードで鳴らせられなければ、DOS環境ゲーム等他のソフトも皆ダメだと思います。

(2) FDDを1基外したとのことですが、ドライブは2つあることが前提のゲームが多いので、FDDは元に戻さないとそれが原因(FDD認識失敗)で起動しないのかもしれません。

(3) まさか86音源ボードの音声出力端子にスピーカーやイヤホンを繋ぐのを忘れていた、という素晴らしいオチではないですよね…？(笑)

(4) 「サウンドは外部音源選択(セットアップメニュー)」「ディップスイッチは工場出荷時設定」で行けると思います。上述の(1)(2)(3)がダメなら、ボード側や本体側のコネクタの汚れ、もしくは周辺の部品の劣化が考えられます。

(5) 余談ですが、98版のヴァリスIIって86ボード専用曲って入ってるんですかね？発売時期的に、26音源の曲だけかもしれないので、86音源でプレイしてもガッカリするかも…？