褒められるのが嫌にも色々あると思う。
「周りにいじめられるから褒められるのが嫌」も「褒められるのが嫌」である事には違いない。
理由がどうであれ、今回については生徒が嫌だと言うことを教師が意地を張るかのように曲げずに居るのは問題。
それが無ければいじめは無かった、もしくは軽減された可能性もある。

教師は何の為にいるの？
自分の教育方法でいじめを増やす為にいるの？
そして生徒に不登校に(逃げ)させる為にいるの？
生徒に心地良い場所を作れとは言わない、ただし学校を生徒の憂鬱な場所にするなとは言いたい。