メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。 苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。 再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。 それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。 ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする… 「だから昔のことなんて知らないってば！」 自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。 傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。 デジタルワールドでこの先どうすべきか― 相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら― その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。 だが、彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現すのだった。 その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。 調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。 それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた… 今、再び　冒険が進化する―