パートナーである望月芽心がゲンナイの姿をした謎の男に傷つけられるのを見て、 メイクーモンは再び暴走をはじめる。 「お前は生まれてきてはいけなかった…」 現実世界へ消えたメイクーモンこそ、歪みそのもの。あまりに大きな力を持ち過ぎた、世界を壊す鍵― 西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、真相を明らかにしていく。 世界の調和を保とうとするホメオスタシス自身が、今や強大すぎる存在となったメイクーモンを危険とみなし、切り捨てようとしているのだと。 暴走するメイクーモンの出現により、現実世界崩壊へのカウントダウンがはじまる。 いたる所で次々と異変が発生。歪みを通して現れたデジモンたちは、その時が来るのを待ちうける― 選ばれし子どもたちは、変調をきたしたデジタルワールドから疎外され、現実世界に戻ってきてからも、 パートナーデジモンと共にいるがゆえに人々に追われる。一同が孤立無援となりながらも必死に打開策を探る中、ひとり思い悩み続ける芽心。 あまりにも大きな荷を負い、打ちひしがれる彼女には、仲間やデジモンたちの声も届かない… そして、過酷な運命は、誰よりも真っすぐで繊細な魂を持つ八神ヒカリのもとにも迫っていた― 今、再び　冒険が進化する―

メイクーモンの暴走、そして、起きてしまったリブート。 苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへと向かった。 再会したパートナーデジモンたちは、今までの記憶をすべてなくしている。 それでも再び絆を築いていこうと、手を差し出す選ばれし子どもたちと、応えるデジモンたち。 ところが、ピヨモンだけが、成長期に進化してもなお警戒心をあらわにする… 「だから昔のことなんて知らないってば！」 自分のことよりも先に他人を思いやる空の優しさに、かえって不信感を抱いたのだ。 傷つき立ちつくす空に、太一とヤマトはかける言葉を見つけられない。 デジタルワールドでこの先どうすべきか― 相談していた一同の前に、突如メイクーモンが姿を現し、そして消えた。なぜか元の記憶を残し、芽心を探し涙を浮かべさまよいながら― その姿を見て、子どもたちはメイクーモンを救うためにデジタルワールドを旅する決意を固める。 だが、彼らの前に、ダークマスターズを従えたあの男が姿を現すのだった。 その頃、現実世界の西島は、姫川が失踪したとの報せを受けていた。 調査する彼は、姫川のこれまでの行動の裏に、ある目的が隠されていたことを突き止める。 それは、二人の運命を決定づけた過去の出来事へとつながっていた… 今、再び　冒険が進化する―