まず最初に思ったのは同人誌を作っていることを会社側に公表する意味があるのかないのか考えるべきだとは思うかな。
それこそ「絵を書く」とか「パソコンをすること」だけでも良かったと思うから。
本人にとって重要な趣味ではなく、会社側にとって有益な趣味、損のない趣味を書くのが適切だと思う。

会社側は一方的にその事について注視し過ぎている感もある。
事実、表現の自由だから同人誌を作っていることに対して危険視する発言も問題かな。
「この会社に関する内容を書く事は避けて欲しい」など、言い方は様々だと思うけどもう少し慎重に発言するべきだと思う。

人事にとってはその人自身の熱意や決意などを評価した上で、会社に必要か判断するのが実際の姿のはずなんだけど、今回のは個人的な「趣味」に対して警戒し過ぎではないかと思う。
それなSNS自体が問題になるから「会社にとって悪影響を及ぼさないのなら問題はない」と言えば済む話でもある。

まぁ全体的に見てどちらも問題点が十分に出ている感じかな、書く必要の無い事についても、会社側の発言の仕方についても問題と見れる部分はあると思う。それもあって意見が割れてるんじゃないかな？