「同性愛関係はすべて非正統だから」カップリングの自由度が高い、というのはその通りだと思います。
多くの場合異性間の好意の方向は作者によって大体決められているのだから、
それを破るろうとすれば書き手も読み手も減ると。

しかし咲の二次創作が主にどこで行われているかは知りませんが、
ニコニコにおけるアイマス二次創作の多様性も凄いと思いますよ。
私は本編のゲームもアニメも見ずニコニコの二次創作をたまに見るくらいなのですが、
カップリングだけでいってもほとんどすべての組み合わせにタグが存在するんじゃないかってくらいに多いですよ。
イメージとキャラが違えば文句もでるでしょうが、意図的に壊すような作品も生まれ続けていると思いますし。

次は東方も話に挙げてみてはどうです？もう挙がってたらすみませんが。