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CHANGEよ。あなたは「学術組織論としての任命権について触れている」とのことですが、日本学術会議法第7条2項を見て下さい。そこでは、「会員は16条の規定による推薦に基づいて、首相が任命する」とあります。
ここで「に基づいて任命する」とあるところが重要です。
憲法第６条は「天皇は、国会の指名に基づいて内閣総理大臣を任命する」と定めています。もし、天皇が国会の任命した人
（例えば菅氏）を自分の気に入らないからと言って、任命を拒否したらどうなりますか。もう、国の根源がひっくり返ってどうしようもなくなるではありませんか。「に基づいて任命する」というのは、それくらい重いことなのです。つまり首相には、特定の候補者の任用を拒否する権限はありません。「組織論としての任命承認権」もくそもないのです。