文部省は「全然は否定にのみ使う」という立場ですので公文書の作成に肯定の意味で使うのは避けたほうがいいかもしれません。

逆に言えば文部省の日本語なんてひらがなの数すら減らしちゃったバカ向けの簡略版ですから、役人の見ていないところではそこまで有難がる必要はないです。

全然は肯定の意味もある、と言う説以外にも、例えば「全然大丈夫」の全然は「全然（問題ない）大丈夫」という意味であり、
肯定ではなく「相手の懸念を否定する」意味で使われている、という説もあります。

言葉と言うのは前後の展開や話者の心理によって意味が変わるものです。
はっきり言っておきますが、ひとつの言葉にひとつの意味しかない、と思っている人は語学が苦手な人です。

今までの「誤用騒動」の大半は日本語が苦手な人が起こした、ほとんど意味のないものです。