チャンク生成時に地層生成が適用される条件ですが, gregapi/worldgen/GT6WorldGenerator.java によると config で有効になっている限り次を例外として常に地層生成を適用しているようです:
* ディメンジョン ID が TwilightForest のものである場合
* バイオームが次のいずれかである場合: Erebus, Moon, Mars, Asteroids, Hell/Nether, End, Space(GalactiCraft)

RFTools や MystCraft などに関しても GT6 側では特に例外的な処理はしていないので、それらの mod と干渉した結果として地層生成が効かなくなるものと思われます。