2019年末に中国武漢で初めて確認された新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は、2020年1月に国内で初めて感染者が確認されました。
この新型コロナウイルスの変異速度は、24.7塩基変異/ゲノム/年、(1年間で平均24.7カ所の変異が起こる)と推定されています。
当初は武漢由来の系統の新型コロナウイルスが日本に流入しましたが、その後消失しました。
また、クルーズ船ダイヤモンド・プリンセス号の乗客、乗員を起点とするウイルス株も現在、日本では検出されておらず、終息したものと思われます。
3月下旬に、欧州系統の新型コロナウイルスが日本国内に流入し、さらにそれが300を超える系統に分岐、派生しましたが、5月下旬頃には収束へ向かいました。
その後、6月下旬に欧州系統から6つの塩基が変異した系統が、国内で確認されました。
この系統と流入してきた欧州系統との直接のリンクとなったウイルス株は発見され
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