偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝 国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホー ムズ』が現れてから２年。 ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。 その街に住むカズミとアリスは幼馴染同士の １３歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で 落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための 勉学に励んでいた。 そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた ２人。追いかけた先で彼女たちが見たものは……？