突如出現した謎の飛翔体、ザイ。それは、人類の航空戦力を圧倒した。 彼らに対抗すべく開発されたのが、既存の機体に改造を施したドーターと呼ばれる武器。 操るのは、アニマという操縦機構。 それは――少女の姿をしていた。 鳴谷慧が出会ったのは真紅に輝く戦闘機、そしてそれを駆るアニマ、グリペンだった。 人類の切り札の少女と、空に焦がれる少年の物語が始まる。

かつて、人の声が万物の真理を呼び起こしていた時代があった。だが、ある発明によって人類の歴史は大きな転換期を迎える。 「文字」それは優れた伝達手段として瞬く間に普及したが、声と真理との間に「ロゴスワールド」を誕生させてしまう。 それから数千年後―― 文明の発達はロゴスワールドを肥大化させ、文字の暴走を引き起こした。これに対抗できるのは「創声力」と呼ばれる、 真理の力を引き出せる創声部の若者たち。阿佐ヶ谷に住む少年「灰吹陽」は、文字の暴走に遭遇し、現実世界に波及する混乱を前にして 、運命の声を発した。「叫べ、創声合体」と……。 ロゴスワールドを鎮める唯一の存在、「アクエリオン」が誕生したとき、文字を巡る新たな神話の1ページが幕を開ける。