主人公・宮代拓留の逮捕という衝撃の結末を迎えた『CHAOS;CHILD』。だが、ひとり現実という「舞台」に残された尾上世莉架は、いかなる運命を辿るのか。「彼」と「彼女」の「その後」を紡ぐ最終章が、ここに幕を開く。

「狂気のマッドサイエンティスト」を自称し、いまだ厨二病をひきずる大学生・岡部倫太郎。彼とその仲間たちは偶然、過去へと送信できるメール「Dメール」を発明してしまう。それが引き起こすのは、何度過去改変（世界線の移動）をしても訪れる、仲間の死という残酷な未来だった…。絶望に打ちひしがれる岡部に差すひとすじの光、それは誰も死ぬことのない未来、「シュタインズ･ゲート」と呼ばれる世界線。時間軸を超えて絡まりあった謎を解き明かし、ついに「シュタインズ･ゲート」に辿り着いた岡部。しかしいくつもの世界線を超えた岡部の脳には、多大な“負荷”がかかり始めていた…。

嘘と実の狭間で、歪んだ妄想が揺らめく。 2015年、渋谷。6年前に起きた大災害、渋谷地震から復興した街に新設された私立高校『碧朋学園』（へきほうがくえん）に通う少年、宮代拓留は、自身が設立した新聞部の活動の一環として『ニュージェネレーションの狂気の再来』と称される連続殺人事件を追っていた…。

現実とは少し異なった地球。そこは「紅（ルビ：あか）の世界」よりの侵略者【ナイトフライオノート】の脅威にさらされていた。 人類は彼らに対抗するため、対位相外防衛機関【LAG（ラグ）】を設立、対ナイトフライオノート戦闘ユニット【スカーレッドライダー】を結成し、過去五回の全滅を繰り返しながら戦い続けていた。 やがて一人の少女、麻黄アキラが教官兼指揮官としてLAGへ着任すると、止まっていたナイトフライオノートの侵攻が再び始まる。 第六戦闘ユニット【スカーレッドライダーゼクス】のメンバー達は、アキラと共に世界を守るため、戦いに身を投じていく。これは彼女と少年たちの、愛と友情と、戦いの物語である。