新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

西暦2000年、南極大陸で行われた実験は、人類に壊滅的打撃を与えた。このカタストロフィを、人々はセカンド・インパクトと呼んだ。地球の地軸はねじ曲がり、世界人口は激減した。それから15年後、人類は再び試練の時を迎える。“使徒”と呼称される謎の巨大物体の出現、その使徒に対抗すべく暗躍する、特務機関ネルフ。その戦いの中心となったのは14歳の少年、碇シンジ。彼は、不安、不信、恐怖、怒り、そして果てしなき戦いの後に、孤独と絶望を知る。

人間を捕食する妖魔が巣食う世界。妖魔に対抗すべく、人間は妖魔の血肉をその身体に取り入れた半人半妖の女性戦士を生み出した。銀色の瞳と巨大な剣を持つ彼女たちは、その大剣の名から“クレイモア”と呼ばれる。“クレイモア”の一人であるクレアは、かつて少女の頃、テレサと名乗る最強のクレイモアと出会う。

「エヴァンゲリオン」シリーズは1995年のTVシリーズ「新世紀エヴァンゲリオン」から始まり、映画、コミック、ゲームなど様々なメディアに展開、社会現象を巻き起こしたアニメーションシリーズ。2007年からは全4部による長編アニメーション映画『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズ及び『シン・エヴァンゲリオン劇場版』の公開を開始。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：破』は、その第2部となる。

西暦2015年。第3新東京市に、さまざまな特殊能力を持つ“使徒”が襲来した。主人公・碇シンジは、人類が“使徒”に対抗する唯一の手段である人型決戦兵器エヴァンゲリオンの操縦者に抜擢されてしまう。今、人類の命運を掛けた戦いの火蓋が切って落とされる。果たして“使徒”の正体とは？　少年たちと人類の運命は？。