新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。 どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、 今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。 ｢アビス｣の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。 そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。 アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。 ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。 深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。 そこで、出会ったプルシュカと名乗る女の子は、ボンドルドに育てられ外界を知らずにいた。 リコの冒険話に夢中になり一緒に冒険に行きたいと願うが、あえなくボンドルドの実験に利用されてしまう。 しかし、プルシュカは形を変えリコの白笛となり、 一同は深界六層「還らずの都」へと進む。 そこには、成れ果てが独自の価値観を持って生活している 「成れ果ての村」が存在していた。

隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。 どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。 「アビス」の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。 そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。 アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。 ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。 リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。 深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。 ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。 そこで、プルシュカと名乗る女の子に出会い…

突如世界を襲った未曾有の大災害“セカンド・インパクト”。この影響で人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。やっと平穏な日々が戻ったと思われたとき――14 歳の少年・碇シンジは父親から第3新東京市へ呼び出されて、出迎えを待っていた。 その眼前の山あいから、巨大な生物が出現！ それは「使徒」と呼ばれる正体不明の存在で、たちまち国連軍と激しい交戦を開始した。爆風に巻きこまれ、危機に陥るシンジ。その生命を救ったのは、葛城ミサトと名乗る女性だった。 ミサトの車で特務機関NERV（ネルフ）の本部へと連れていかれ、シンジは父と3年ぶりの再会をはたした。だが、シンジは父の碇ゲンドウから極秘裏に開発された巨大な人型兵器を見せられ、使徒との戦いを強要された。それがシンジと人造人間エヴァンゲリオン初号機との出逢いであった。 反発を覚えたシンジではあったが、女性パイロット綾波レイの重傷を目のあたりにして、逃げることを否定し、ついに自ら出撃を決意する。何の訓練も受けないままに、初めて使徒と対峙するEVA 初号機のシンジ。 世界の命運を託された14 歳の少年シンジは、はたしてどう戦うのか？ そして、セカンド・インパクトに隠されたキーワード 「人類補完計画」の真実とは？ すべての謎の鍵を握る碇ゲンドウは、シンジの苦闘をじっと見つめている……。

ある森に「森の民」という種族のポポという 少年が、母(ピア)と二人で暮らしていました。 ポポは樹液を取りに森へと出かけるとかつて 父（ペレ）が使っていた「星読み台」に立ち 寄り、父のことを思い出しました。父はポポ が幼い頃、東の空が赤く光るという現象が起 こると理由も告げず旅立ってしまったのです。 思い出に浸るポポの目に森の一点が歪んで見 えました。そこは「遺跡」と呼ばれる禁断の 場所。ポポが近づくと「遺跡」が輝き始め、 父から渡された「守護者の証」も反応し光を 放ちます。ポポは怖くなってその場から逃げ だしました。すると、目の前に謎の男（パ サー）が現れて父のことを侮辱してきます。 ポポは怒りますが、森が不吉で異様な変化を しているため、パサーを振りきり母の元へと 急ぎました。ポポが家に着くと母は植物のよ うな姿に変わり果てていて、ポポにこの森を 出るように促し、ポポも父親と同じく「森の 守護者」であることを告げると動かなくなっ てしまいました。ポポは母を治せるのは父だ けと思い、探しに出るため故郷の森を出まし た。すると突然、謎の巨大甲虫（コーカサス オオカブト）に襲われます。が、一匹の謎の カブトムシ(ムシキング)が現れてコーカサス を撃退し、飛び去って行きました。そのカブ トムシと入れ替わるように、喋る小さ なカブトムシ（チビキング）がポポの前に現 れ、ポポの仲間になり、二人は共に旅立つこ とに...。