高校生・斉木楠雄は超能力者である。 テレパシー、サイコキネシス、透視、予知、瞬間移動、千里眼など、何でもかんでも自由自在。 誰もがうらやむ最強の能力は、実は本人にとっては災難を呼ぶ不幸の元凶。 それ故、人前では超能力を封印。目立たず人と関わらずをモットーにひっそり暮らしていた。 しかし何故だか彼の周りには、いつも不思議な人間（生き物）が集まって、次から次へと嵐のように災難が降りかかるのであった！

『絶対、火影になってやるんだってばよ！！』 木ノ葉の里の落ちこぼれ忍者、うずまきナルトの夢はいつか里一番の忍者「火影」の名を受け継ぐ事。その身に封印された尾獣「九尾の妖狐」ゆえに孤独な過去を背負ったナルトだが、サスケとサクラという仲間を得、上忍カカシ率いる第七班の一員として任務をスタートさせた!!

ゲーム好きの高校生「武藤遊戯」が、ゲームショップを経営する祖父から古代エジプトより伝わる誰も説いたことがないという「千年パズル」をもらう。 苦労の末に、千年パズルを解いたことで目覚めた「闇の力」。 千年パズルが輝きだす時、闇に眠るもう一人の遊戯がが現れた！遊戯の中のもう一人の遊戯…。新たなデュエルが今、始まる！

物語の舞台は海岸沿いにある「舞網市(まいあみし)」。 デュエルの技術が突出して進歩している。その理由は赤馬零児が社長を務めるレオ・コーポレーションの存在。 同社が開発した「質量を持つ立体幻影(ソリッド・ビジョン)」の普及により、舞網市で「アクションデュエル」が生まれ、世界中で人気を博している。 子供たちはスター的存在であるプロデュエリストに憧れ、 主人公・遊矢たちが通う「遊勝塾」や最大手「LDS(レオ・デュエル・スクール)」といった大小さまざまな規模の塾に通い、 召喚法やデュエルスタイルなどを学んでいる。 そんなある日、遊矢はプロデュエル界の現役チャンピオンとエキシビジョンマッチで戦うことになるのだが……？

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