エウレカが作り上げたスカブコーラル（珊瑚状の情報生命体）の中の仮想世界。 　その崩壊とともに、仮想世界の人々がこの地球に姿を現して10年が経過した。この“大融合”の結果、仮想世界の人類は「グリーンアース」を、旧来の地球人類は「ブルーアース」を名乗り、水面下でさまざまな衝突を繰り返すことになった。そしてグリーンアース軍の高官デューイ・ノヴァクは、自分たちの尊厳を守るため、仲間とともに決起し、大規模なテロ計画をついに実行へと移す。 　混乱の元凶として世界中から憎まれるエウレカは、国連の立師団無任所部隊A.C.I.D.（アシッド）の上級戦闘員となっていた。この世界を平和に保つために生きる。それがエウレカの選んだ贖罪の道だった。そんなエウレカに、スカブコーラルを操る能力を持つ新たな“EUREKA”、少女アイリスを保護する命令が下る。最初は対立するばかりだった2人は、孤独な逃避行を通じて、次第に互いのことを理解していく。そして世界が危機に直面した時、エウレカは極限まで自らの力を振り絞って戦う。「アイリスとこの世界を守りたい」。エウレカの願いの果てに待つ未来とは――

「――見えた？」 くくるは、そっと、がまがま水族館のヒミツを教える。 「ここではときどき、『不思議なもの』が見えることがある」 夏の日差しが降り注ぐ、沖縄。 那覇市内からバスに乗り1時間あまり揺られた先に、その水族館はある。 沖縄本島南部、美しいビーチのすぐ脇にある、ちいさな、すこしさびれた「がまがま水族館」。 18歳の女子高生・海咲野くくるは、そこでまっすぐ、ひたむきに仕事をしていた。 祖父に替わって「館長」を名乗るほど、誰よりもこの水族館を愛している。 ある日くくるは、水槽の前で長い髪を揺らしながら大粒の涙をこぼしていた女の子・宮沢風花と出逢う。 風花は夢だったアイドルを諦め、あてもない逃避行の先に、東京から沖縄へやってきたのだ。 がまがま水族館に流れる、ゆっくりとした、やさしい時間。 居場所を求めていた風花は、「水族館で働きたい」と頼み込む。 出会うはずのなかったふたりの日常は、こうして動き始めた。 しかし、がまがま水族館は、「不思議」と一緒に、「閉館の危機」という大きな問題を抱えてもいた。 迫りくるタイムリミットを前に、ふたりは立て直しを目指して動き始める。 かけがえのない場所を、あたたかな寄る辺を、守るために。

2050年。父の興したメーカー・リビルド社で、「自律機械DZ(ディジィ)」への開発貢献により、若くして名声を得た技術者デリダ・イヴェン（主人公）。 デリダは、あるとき同僚のネイサンと共に「DZ」の重大な欠陥に気付くが、忠告に耳を傾けない上司に腹を立て、危険と知りながら対策を先延ばしにし、ネイサンの愛娘・マージュの誕生日を祝うパーティへとむかう。 しかし、穏やかなひとときを過ごしたその翌日、 デリダとネイサンは謎の部隊に襲われる。 逃避行の末、冷凍睡眠装置に落ちたデリダが再び目を開けると、 10年の時間が過ぎ、見渡す世界は荒廃し戦争状態になっていた！ 制御を失った「DZ」の群れに襲われ、何もかもを諦めそうになったそのとき、デリダはネイサンの最期の言葉を思い出す。 「マージュを頼む」 己に降りかかった運命に戸惑いながらも、 マージュを探すため、デリダは歩き出す。