「もしわたしが悪い人になったら許せませんか？」 　少年は少女を守りたい。そう、思った。 　魔術師〈マスター〉と英霊〈サーヴァント〉 が、あらゆる願いをかなえる願望機「聖杯」をめぐり戦う――「聖杯戦争」が起きて10年、冬木市で再び戦争が始まった。前回の「聖杯戦争」の参加者である衛宮切嗣の養子・衛宮士郎は遺志を継ぎ、戦うことを決意する。 　士郎のそばには、彼を慕う少女――間桐桜がいた。 　彼女は毎朝、毎晩士郎の家に通うと朝食と夕食を作り、天涯孤独だった士郎と優しい日々を過ごしていた。 　だが「聖杯戦争」が始まると、冬木の町に流れる空気が変わった。あちこちで殺人事件が起き、不穏な空気が流れ始める。士郎は桜を自宅に泊めることを決意した。 　士郎は召喚したサーヴァント・セイバーとともに、魔術師の遠坂凛と同盟を結び「聖杯戦争」に臨む。だが、その戦いは暗躍する者たちによって大きくきしみ、歪み始めていた。

これは始まり(ゼロ)に至る物語――― 奇跡を叶える『聖杯』の力を追い求め、七人 の 魔術師(マスター)が七人の英霊(サーヴァ ント)を召喚し、最後の一人になるまで戦い を繰り広げる究極の決闘劇……聖杯戦争。 三度(みたび)、決着を先送りにされたその闘 争に、今また4度目の火蓋が切って落とされる。 それぞれに勝利への悲願を託し、冬木と呼ば れる戦場へと馳せ参じる魔術師たち。だがそ の中でただ独り、己の戦いに意味を見出せな い男がいた。 彼の名は――言峰綺礼。 運命の導きを解せぬまま、綺礼は迷い、問い 続ける。なぜ令呪がこの自分に授けられたの か、と。だが戦いの運命は、やがて綺礼を一 人の宿敵と巡り合わせることになる。 それが――衛宮切嗣。 誰よりも苛烈に、誰よりも容赦なく、奇跡の 聖杯を求め欲する男だった。 大人気ゲーム『Fate/stay night』では断片 的に語られるのみだった、10年前に起こった 「第四次聖杯戦争」の真実。士郎の養父が、 凛の父が、そして若き日の言峰綺礼が繰り広 げた戦いの真相が、いま明らかになる！

街を焼き尽くす大災害で孤児となった士郎は、魔術師･衛宮切嗣に助けられ養子となる。そして十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い「聖杯戦争」に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔（サーヴァント）セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。