――唐突だが。世界はとっくに滅亡している。 1000年前に一度滅んだ地球を「Y」と名乗る伝説の時計技師が時計仕掛けで再構築した世界。落ちこぼれの高校生・見浦ナオトは、「Y」が残した自動人形（オートマタ）のリューズ、そして天才時計技師の少女・マリーと出逢う。彼らの能力が噛み合わされた時、運命の歯車は回り出す。 破綻と延命を繰り返し、崩壊寸前の地球（「クロックワーク・プラネット」）を修復するクロックパンク・ファンタジー！

僕の名は、花房葉太郎。 現代社会の片隅で、人知れず続く騎士団の末裔だ。 小さい頃からの「特訓」のせいで、ピンチの女性を無意識に助けてしまう「騎士道体質」を刷り込まれてしまった…！ 普通の生活を求めて逃げ出したあの日、僕は、彼女と出会った。 その子の名前は、鬼堂院真緒。 大きな屋敷に、たったひとりで暮らしていて、 助けてくれた仮面のヒーローに憧れる、ちょっと不思議な6歳の女の子。 …??でも、さっきキミを助けたのは、仮面を付けた僕なんだ。 騎士と淑女の、ヒミツの！？共同生活が始まる！

15年前、神様に見捨てられて以来、人は生まれず死者は死ななくなった。 “死ぬことができない死者”に唯一安らぎが与えられる「墓守」の仕事を、亡き母から受け継いだ12 歳のアイ。 優しい養父母や村人たちに囲まれて平穏に暮らしていたが、ある日、村に「人食い玩具（ハンプニー ハンバート）」と名乗る、銃を携えた少年が現れ、予想も しなかった残酷な現実を突きつけられることに…