八凪幸人は、本土の児童養護施設で育った少年だったが、ある時亡き父の弟子であるという傍若無人な青年・沙川 尽義がやってきて、幸人を故郷である綾ヵ島に連れ出してしまう。 七つの島が連なる綾ヵ島は、火と水の龍の伝説が色濃く伝えられ、「ミタマ」と呼ばれる不思議な存在が当たり前 のように生息する奇妙な島だった。 幸人は、綾ヵ島の調和を守る仙人であったという父の三人の弟子たちと関わりながら綾ヵ島で暮らし始める。だが 尽義の二人の兄弟子である鞍馬春秋と伊吹朱の間には深い確執があった。 調和の崩れ始めた「あやかい」島で、幸人が直面する真実とは——

未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。 なんとか勝利をおさめたのだった。 あれから10年－。 シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。 つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、 穏やかな日々を過ごしている。 だが、艦長・小林は分っていた。 ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。 そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。 愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。